A decisão invalida os regulamentos emitidos anteriormente pela agência nacional de saúde exigindo apenas um teste PCR negativo para chegadas de estrangeiros.
O juiz disse que seria impossível verificar todos os visitantes e evitar a disseminação da nova variante do Omicron.
Medidas lenientes tornaram o país popular entre os turistas não vacinados.
A decisão é vista como mais uma derrota para o presidente Jair Bolsonaro, que prejudicou repetidamente os esforços para controlar a disseminação do vírus em um dos países mais afetados pela pandemia.
O presidente, que afirma não ter sido vacinado, negou pedidos da agência de saúde Anvisa para exigir comprovante de vacinação dos visitantes.
O juiz Luís Roberto Barroso disse que serão abertas exceções para quem vem de países que não puderam vacinar a maior parte de suas populações. Eles precisarão ser colocados em quarentena na chegada por cinco dias.
O anúncio vem antes da movimentada temporada de verão do país, com cidades hospedando festas populares de Réveillon e desfiles de carnaval.
Mas várias comemorações já foram canceladas por causa da variante Omicron. No Rio de Janeiro, a famosa queima de fogos de artifício na praia de Copacabana, no dia 31 de dezembro, foi cancelada pelo segundo ano consecutivo.
Desde o início da pandemia, o Brasil relatou 22 milhões de infecções por Covid-19 e 616.000 mortes. Cerca de 65% da população foi totalmente vacinada.
O país confirmou quatro casos da nova variante Omicron.
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